Die lutherische Reformation wurde im Herzogtum Baden bereits im Jahr 1554 eingeführt. Das damalige Herzogtum umfasste allerdings nur einen kleinen Teil des heutigen Baden und bezeichnete im wesentlichen die Regionen um Karlsruhe und Pforzheim, Müllheim und Lörrach, sowie die Grafschaft Wertheim. Andere Gebiete wie die Kurpfalz wurden calvinistisch geprägt.
In der napoleonischen Gebietsreform von 1805 wurden 262.000 Lutheraner und 67.000 Reformierte in einem Land miteinander verbunden. Das konfessionelle Bewusstsein war in der Zeit der Aufklärung geschwunden. Die Sehnsucht nach einer Vereinigung beider Konfessionen führte 1821 zur gemeinsamen Kirche der Union. Bezeichnend für die neu entstehende badische protestantische Kirche wurde die Verfassung, die die Überwindung der konfessionellen Unterschiede formulierte und das Ende lutherischer bzw. reformierter Gemeinden bedeutete.
Widerstände gegen diese Union erhoben sich erst zehn Jahre später und führten ab 1850 zur Neubelebung der lutherischen Kirche in Baden.
Carl Eichhorn (1810-1890), Pfarrer in Nußloch, erklärte um des Bekenntnisses willen 1850 seinen Austritt aus der Union. Nach Besuchen im Oberland entstand eine erste lutherische Gemeinde in Ihringen am Kaiserstuhl. Weitere Gemeinden entstanden in Bretten, Nußloch, Durlach, Söllingen, Berghausen und in Ispringen bei Pforzheim.
Zu Wegbereitern der lutherischen Kirche in Baden wurden auch die Pfarrer August Wilhelm Ludwig in Söllingen bei Karlsruhe, Georg-Friedrich Haag (1806-1875) in Ispringen und sein Nachfolger Max Frommel (1830-1890).
Die Einigkeit im Bekenntnis konnte die Differenzen über den künftigen Weg der Kirche nicht überbrücken. Schon in den 1860er Jahren kam es zum Bruch in drei lutherische Gruppierungen, die erst 1903 überwunden werden konnten. Nach dem 1. Weltkrieg bekamen die badischen Lutheraner 1919 ihre Anerkennung als Körperschaft des öffentlichen Rechtes, und 1926 gab die Synode der Kirche ihren heutigen Namen.
Die lutherischen Gemeinden in Baden waren über ein Jahrhundert organisatorisch im Verbund lutherischer Freikirchen verankert. Sie standen zugleich in lebendigem Austausch mit den lutherischen Landeskirchen.
Als sich die lutherischen Freikirchen im Jahr 1972 in der Selbständigen Evangelisch-Lutherischen Kirche (SELK) zusammenschlossen, war die Evangelisch-Lutherische Kirche in Baden (ELKiB) allerdings nicht mehr dabei. 1965 war sie durch Synodalbeschluss aus dem Verband der alten Selbständigen Evangelisch-Lutherischen Kirche ausgeschieden und hatte die Nähe zur Vereinigten Evangelisch-Lutherischen Kirche in Deutschland (VELKD) gesucht. 1968 wurde sie als Mitgliedskirche im Lutherischen Weltbund (LWB) aufgenommen und bekam den Sitz als ständiger Gast in der Generalsynode und in der Bischofskonferenz der VELKD. Das gestörte Verhältnis zur SELK konnte im Jahr 1983 durch die Erklärung der Kirchengemeinschaft überwunden werden.
