Der Superintendent bzw. die Superintendentin hat die geistliche Leitung der Kirche und übernimmt damit die bischöflichen Aufgaben in der ELKiB. Er/Sie ist Vorsitzende(r) der Synode, des Synodalausschusses und des Pfarrkonventes. Er/Sie ordiniert Pfarrer, führt diese in ihre Gemeinden ein und visitiert in regelmäßigen Abständen die Gemeinden.
Auf der Synode am 18. November 2023 in Freiburg wurde Dr. João Carlos Schmidt zum Superintendent gewählt und in der Freiburger Erlöserkirche eingeführt.
Der stellvertretende Superintendent bzw. die stellvertretende Superintendentin vertritt den Superintendent bzw. die Superintendentin und hat damit Anteil an der geistlichen Leitung der Kirche und gehört zum Synodalausschuss.
Pfarrer Andreas Schwarz wurde auf der Synode am 18. November 2023 in Freiburg zum stellvertretenden Superintendent gewählt. Seine Amtszeit dauert sechs Jahre.