Der Superintendent bzw. die Superintendentin hat die geistliche Leitung der Kirche und übernimmt damit die bischöflichen Aufgaben in der ELKiB. Er/Sie ist Vorsitzende(r) der Synode, des Synodalausschusses und des Pfarrkonventes. Er/Sie ordiniert Pfarrer, führt diese in ihre Gemeinden ein und visitiert in regelmäßigen Abständen die Gemeinden.
Auf der Synode am 14./15. November 2014 in Pforzheim wurde Christian Bereuther zum Superintendent gewählt.
Der stellvertretende Superintendent bzw. die stellvertretende Superintendentin vertritt den Superintendent bzw. die Superintendentin und hat damit Anteil an der geistlichen Leitung der Kirche und gehört zum Synodalausschuss.
Pfarrer Dr. João Carlos Schmidt wurde auf der außerordentlichen Synode am 10. März 2018 in Baden-Baden zum stellvertretenden Superintendent gewählt. Seine Amtszeit dauert sechs Jahre.