Die Synode ist die „Trägerin der obersten Kirchengewalt“. Unter Beachtung der Kirchenordnung sowie der in Betracht kommenden staatlichen Gesetze ist die Synode das gesetzgebende Gremium der Kirche, das in vollkommener Selbstständigkeit arbeitet. Die Tätigkeit der Synode bezieht sich auf alle Angelegenheiten, die die Evangelisch-Lutherische Kirche in Baden betreffen.
In der Synode sind alle Gemeinden mit jeweils mindestens 2 Vertreterinnen oder Vertretern und die Pfarrer der Kirche vertreten. Die geistliche Leitung der Synode liegt beim Superintendenten, der die Bischofsfunktion der ELKiB innehat. Die Leitung der Kirche zwischen den Synoden hat der Synodalausschuss, der aus vier gewählten Vertreterinnen bzw. Vertretern aus der Synode, dem Superintendenten und seinem Stellvertreter besteht.
Synodalausschuss
Ausführendes Organ der Synode ist der Synodalausschuss. Dieser leitet zusammen mit dem Superintendenten die Kirche und beaufsichtigt die Rechnungsführung. Der Synodalausschuss besteht aus dem Superintendenten, seinem Stellvertreter und vier weiteren Mitgliedern, die für die Dauer der sechsjährigen Wahlperiode der Synode aus der Mitte der Synode gewählt werden. Der Synodalausschuss vertritt zusammen mit dem Superintendenten die Kirche nach außen.